Dans le sympathique village caché de Konoha vit une tribu aux coutumes ancestrales. Les enfants sont entrainés dès leur plus jeune âge pour devenir des ninjas, encouragés en cela par le maitre Hogake, le guerrier le plus puissant de chaque génération. Il y a de cela plusieurs années un démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village et c'est le maitre Hokage 4ème du nom qui permit la survie de son peuple, au prix de sa vie. Les enfants de l'école de ninjas essaient donc de devenir aussi forts si ce n'est plus que cet illustre ancêtre. Naruto fait partie de ces jeunes pleins d'ambitions. Orphelin et éternel farceur, il passe son temps à jouer les pires blagues pour tromper sa solitude et se faire remarquer, n'étant aimé pour une raison inconnue par personne. Cela fait déjà deux fois qu'il échoue au diplôme d'assistant ninja qui doit lui ouvrir les portes de l'entrainement de ninjutsu. Mais les choses vont peut-être enfin changer, une nouvelle épreuve doit bientôt avoir lieu. Mais une surprise attend Naruto...

Naruto est de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...

Naruto Gaiden est la suite de Naruto. Les événements se déroulent après la fin de ce dernier (chapitre 700). Naruto Gaiden met en scène les enfants de divers personnages de la série principale dont Boruto, le fils de Naruto, et Sarada, la fille de Sasuke.

Boruto - Naruto Next Generations est la continuation du célèbre manga Naruto. L'histoire se concentre sur Boruto Uzumaki, apprenti ninja aux côtés de Mitsuki et Sarada Uchiha, qui ne voit pas le monde de la même manière que son père, le septième Hokage. Boruto va alors tout faire pour trouver sa place... et surpasser son père !

Rock Lee no seishun full-power ninden est un manga créé par l'assistant de Masashi Kishimoto, Kenji Taira, racontant les aventures délirantes du célèbre personnage Rock Lee. Avec l'accord du mangaka de Naruto, la série est prépubliée et connait un tel succès qu'elle est immédiatement publiée et adaptée en anime. Tout le manga est dans le style SD ("Super Deformed"). Ce sont des sketchs ou les personnages les plus influents du véritable manga Naruto apparaissent (Naruto, Neji, Gai, Tenten, ... ). Il n'y a pas vraiment de véritable histoire, étant donné que le manga est basé sur pleins d'aventures différentes de Rock Lee.

Spin-off centré sur Sasuke Uchiha et la team Taka. Par le même auteur que Rock Lee : Les Péripéties d'un ninja en herbe. On suit le quotidien de Sasuke avec ses compagnons. Le Sasuke montré sera plus humoristique contrairement à son attitude froide et distante habituelle.