L'intrigue se concentre sur la Team Rocket et leur nouvelle base. Après avoir construit leur base, les Pokémon de la Team Rocket réussissent à capturer trois Chuchmur pour offrir du divertissement à Giovanni quand il arrivera. Pour forcer les Chuchmur à coopérer, Miaouss utilise une matraque qui, lorsqu'il appuie sur un bouton, fait danser les Pokémons qui perdent le contrôle de leur propre corps. Pendant ce temps, Pikachu, Arcko, Poussifeu, Gobou et Nénupiot tombent sur la base et tentent de libérer les Chuchmur. L'un des gags de course dans le film est la façon dont la baguette de danse est constamment activée ou désactivée par accident. Cela conduit à la destruction accidentelle de la base grâce à la danse incontrôlable des Pokémons, y compris un sauvage Ludicolo et Ramboum.