Le septième film Pokémon. Sacha, Flora, Max et Pierre accompagné par notre célèbre Pokémon : Pikachu, arrivés à la tour de combat, ils rencontrent Tory, un garçon qui a peur des Pokémon. Sa mère leur raconte alors l'immense combat que Rayquaza a mené contre Deoxys, et comment Tory s'est vu impliqué dans la fuite d'une horde de Kaimorse. Lors de ce combat, Deoxys fut détruit.

Mais Deoxys ayant la capacité de régénération, celui-ci revient à la vie. Se multipliant à l'infinie, il retient prisonniers Dresseurs, Pokémon et machines. Seul Sacha, ses amies et quelques personnes réussissent à se réfugier dans un laboratoire contenant un oeuf-cristal que les parents de Tory ont trouvé dans le grand nord lors de la lutte de Rayquaza, le Gardien de la Terre et Deoxys, le Pokémon Galactique.