Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi de la planète Altair dont la population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie. Les Alteans en utilisant leurs "ravisseurs", envahissent les villes de Vega et kidnappent ses habitants à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour d'Altair Pour se défendre contre l'invasion, le Neo-DEAVA organisation établit deux équipes, l'une composée d'hommes seulement et l'autre de femmes, chacun pilotent leurs propres machines géantes appelées "Aquaria". Afin de protéger sa nouvelle amie Mikono, Amata Sora utilise son pouvoir dont il avait gardé dans le secret toute sa vie. Il va combiner les pilotes Vector avec son ami dans un seul robot, l'Aquarion géant légendaire va renaître une fois de plus.

Il y a 12 000 ans, une guerre commence et oppose les anges déchus d'Atlantis, gardiens de l'Arbre de vie, aux humains. Pendant cette bataille, un ange déchu nommé Appolonius et surnommé aussi "Les Ailes du Soleil" avait trahi les siens pour l'amour d'une humaine, Siren. Pour protéger les humains, il prit les commandes d'un mecha, nommé Aquarion, et remporta la bataille. Cependant longtemps après cette bataille, le conflit se reproduisit. Afin d'assurer la sécurité de l'humanité, un groupe de protection lutte contre les invasions répétées des anges déchus, qui s'emparent de l'énergie vitale des humains, pour nourrir leur Arbre de vie. Grâce aux vectors, un type d'Aquarion peut être alors crée (Solar, Luna, ou Mars) et contrôlé par des pilotes possédant des pouvoirs particuliers. Mais qui sont réellement ces pilotes ?...

For thousands of years after its development, mankind used the written word for communication between people and generations. As millenia passed and technology became more prevalent, writing - and thus, communication as a whole - diminished, until it could only be found on cell phones and computer screens. Seeing an opportunity, the sorcerer Sogan Kenzaki starts infecting words with the Nesta Virus, which brings them to life and turns them into monsters called MJBK (Menace of Japanese with Biological Kinetic energy). To counter this attack against humanity, an organization known as DEAVA (Division of EArth Verbalism Ability) assembles a group of youths with the ability of "Verbalism". They have to pilot the vector machines, which are used to form the mechas dubbed "Aquarions". The one wild card in the situation is the self-dubbed "savior", a young man who is the direct relative of a famous calligrapher, named Akira Kaibuki.