L'histoire prend donc place dans ce qu'on pourrait appeler "l'après vie" et l'on suit donc les aventures du protagoniste Otonashi. Celui-ci, ayant perdu tout souvenir de sa vie antérieure, se retrouve dans une école à mi-chemin entre vie terrestre et paradis où les étudiants apprennent à se séparer de leurs attachements pour pouvoir enfin accéder au paradis. Otonashi fait alors la rencontre d'une jeune fille nommée Yuri et se retrouve engagé dans l'organisation (club ?) qu'elle dirige dans le but de combattre Dieu, j'ai nommé le SSS (Shinda Sekai Sensen). Ligne de Front de l'Après-vie. De son côté, le conseil des étudiants, présidée par une certaines Tenshi, tente de maintenir le statut quo et s'oppose donc au SSS.

Tous ceux qui se retrouvent dans le monde d'Angel Beats sont morts. C'est notamment le cas de Hinata, une jeune homme qui y a été envoyé après un violent accident. Dans ce monde, il va faire la connaissance de Yuri, mais aussi de Ooyama, son colocataires. Tous deux sont morts également, et ont connus un passé peu enviable. Yuri tout particulièrement. De ce fait, elle dit détester le "dieu" qui lui a fait subir tout ça, et veut s'en venger. Peu à peu, le petit groupe va évoluer, jusqu'à former le fameux SSS (ou Front de la Guerre de l’Après-Vie). Les aventures contées dans le manga se passent avant les événements de l'anime.

Les événements se passent après ceux d'Angel Beats! Heaven's Door. Ils se situent en même temps que ceux de l'anime.Yuri est à la tête du SSS (Shinda Sekai Sensen) et lutte avec son groupe contre Tenshi et Dieu, pensant ainsi découvrir pourquoi ils vivent dans un monde parallèle alors qu'ils sont décédés. On y retrouve tous les personnages de l'anime, y compris Otonashi, tout cela sous forme d'histoires courtes en quatre cases.