Dans une galaxie lointaine, l'Alliance galactique est en guerre contre une race d'extraterrestres. Au cours d'une terrible bataille, le jeune soldat Ledo est aspiré dans une distorsion de l'espace-temps. A son réveil, six mois plus tard, il découvre une étrange planète inondée par la mer et dont l'air est respirable. C'est le berceau de l'humanité, la Terre, dont l'Alliance galactique avait perdu la trace depuis des siècles.

Il s'agit de la suite de Suisei no Gargantia. Red est désormais un membre à part entière de l'équipage du Gargantia. Il travaille avec Bellows mais son but est un peu différent : il cherche à retrouver des données archéologiques afin de mieux comprendre ce monde. Malheureusement, son passé a attiré l'attention de personnes peu recommandables.