Un virus mortel a décimé les adultes du Japon. Les enfants, seuls survivants de l’épidémie, ont été asservis par les vampires, qui ont profité de l’occasion pour faire leur come-out. Dans le souterrain de la ville vampirique de Sanguinem, Yûichirô et Mikaela Hyakuya sont deux jeunes esclaves chargés de donner leur sang aux aristocrates qui ont besoin de soulager leur soif. Mais Yûichirô ne l’entend pas de cette oreille et tente de s’échapper avec son frère adoptif et leurs amis. Mais les vampires les rattrapent et abattent tous leurs compagnons. Mikaela se sacrifie pour permettre à Yûichirô de s’échapper de la ville vampirique. Une fois à l’extérieur, le jeune garçon découvre un monde intact, et comprend que cette histoire d’épidémie n’était peut-être qu’un mensonge pour asservir les enfants. Il décide de rejoindre la résistance contre les vampires pour délivrer les esclaves et venger la

Suite à l'éradication de tous les adultes par un virus, des vampires apparaissent sur Terre pour contrôler les enfants survivants, les considérant comme du bétail. Yuichiro Hyakuya survécut auprès des autres orphelins en donnant son sang aux vampires, jusqu'à son évasion il y a 4 ans. Depuis, il est devenu un membre de la Moon Demon Company, une unité de l'armée japonaise, dans le but de chasser les vampires responsables de la mort de sa famille.