L'action se déroule au Japon, où une mystérieuse bande de malfrats sévit: on l'appelle le gang des "Panther Claw". L'inspecteur Aki Natsuko est en charge de l'affaire. Malheureusement, elle se fait systématiquement dépasser par une mystérieuse héroïne sur le lieu des crimes, ce qui a tendance à passablement l'énerver. En fait, derrière tous ces personnages qui interviennent pour capturer les monstres à la place de Natsuko se cache une seule et même personne: Kisaragi Honey alias Cutie Honey. Cette jeune femme a une particularité: lorsqu'elle crie "Flash Honey" et qu'elle appuie sur le bouton en forme de coeur situé au cou, elle se transforme en Cutie Honey, c'est-à-dire une redoutable guerrière aux pouvoirs extraordinaires. Cette dernière se bat contre les Panther Claw pour venger la mort de son père, un grand scientifique spécialiste en nano-machines. Celui-ci a utilisé sur sa fille cette même technologie pour créer Cutie Honey. Ce secret est toutefois connu par un journaliste, qui surveille de près Kisaragi Honey. En effet, il semblerait qu'il existe un lien particulier entre elle et Sister Jill, la leader maléfique des Panther Claw...

Honey Kisaragi est une jeune étudiante tout ce qu’il y a de plus normale. Quand son père est menacé par Panther Claw, une organisation criminelle, elle vole à son secours et découvre alors qu’elle est une super androïde doté d’un pouvoir de métamorphose et d’une force incroyable. Honey devra faire face à Panther Claw, et déjouer leurs plans diaboliques...