'histoire se déroule 10 ans après la trame du jeu vidéo Persona 3, où le héros évitait la fin du monde provoquée par les "ombres", dans la ville d'Ayanagi, située proche de la Mer du Japon. Cette ville a été construite dans le but de pallier les dégâts causés par le fléau du "syndrome d'apathie", survenu dix ans plus tôt. Un lycéen, Shin Kanzato, et son jeune frère Jun, rentrent chez leur frère ainé Ryo, ce dernier est le chef de la police d'Ayanagi, depuis dix ans déjà. A ce moment, une série d'étranges événements se produisent dans la ville d'Ayanagi, tels que la soudaine disparition de l'équipage d'un submersible en plongée, l'apparition de syndromes latents survenus il y a dix ans et le cas du corps méconnaissable d'un élève ayant pris une horrible apparence. Serait-ce dû aux "ombres" se nourrissant de l'âme de leurs victimes ? Ryo traque l'organisation cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son Persona - projection corporelle astrale permettant de lutter contre les "ombres" - se faisant il est impliqué dans l'incident provoquant le réveil du "Persona" de Shin.