L'histoire se déroule en novembre 2010, dans la ligne de l'univers Bêta, alors qu'Okabe Rintarou n'a pas réussi à "la" sauver, ce fameux 28 juillet et a fini par revenir seul. Cependant, Okabe ne sait pas que Kurisu est toujours là… Zero est une histoire annexe qui explore les événements de l'avenir de Bêta qui contribuent à rendre possible la fin de l'histoire originale.

Rintarô Okabe est un scientifique un peu paranoïaque, toujours accompagné de Mayuri et Itaru, qui l'aident dans ses expériences farfelues pour son laboratoire. Alors qu'il participait à un séminaire sur le voyage dans le temps, Rintarô rencontre Kurisu, qui tente de le persuader qu'il lui a parlé quinze minutes avant, mais Rintarô n'en a aucun souvenir et ne se rappelle pas avoir vu la jeune fille. Peu de temps après, il retrouve le corps sans vie de Kurisu. Tentant alors de prévenir Itaru par texto, il est plongé dans une ville fantôme. En reprenant ses esprits, il retrouve Mayuri et ne comprend pas ce qui s'est passé, d'autant plus qu'entretemps un satellite s'est écrasé sur l'immeuble dans lequel il se trouvait. L'incompréhension sera encore plus importante pour Rintarô quand il apprendra que le texto qu'il avait envoyé à Itaru date d'une semaine, et que Kurisu est encore vivante. -Blaster- source : Animeka