2062, les deux superpuissances contrôlant le monde s'affrontent dans une guerre longue et sanglante. Le pilote Kei Katsuragi reçoit la mission de faire exploser une bombe à oscillation espace/temps. La bombe explose mais le résultat est inattendu. Une multitude de dimensions, de réalités et de temporalités fusionnent. Kei Katsuragi pourra t'il ramener le monde à la normal.