Y? Morisawa est une fillette de 10 ans ordinaire, jusqu'au jour où elle voit un vaisseau spatial dans le ciel. Emmenée dans le vaisseau, elle fait la connaissance de Pino Pino qu'elle aide à retrouver l'Étoile Merveilleuse (Feather Star). Pour la remercier de son aide, il lui donne une baguette magique qui lui permet de se transformer en fille de 16 ans pendant un an. Elle est également accompagnée de deux chats, Posi et Nega, qui veillent sur elle quand elle a ses pouvoirs magiques. Alors qu'elle se promène en ville sous son apparence d'adolescente, elle entre par hasard dans un studio de télévision où on lui propose de chanter, ce qu'elle fait remarquablement bien avec l'aide de sa magie. Sous le pseudonyme de Creamy Mami, elle remporte un succès immédiat et commence à faire carrière en tant que jeune idole. Sur son chemin, elle rencontrera des gens de l'Étoile merveilleuse et des créatures surnaturelles ...

La petite Mai rêve de devenir magicienne, métier qu'exercent déjà ses parents. Un jour, elle reçoit des pouvoirs magiques qui lui permettent de se transformer en Emi, une illusionniste exceptionnelle. Cela lui permettra de réaliser des tours incroyables et de faire enfin partie de la troupe de ses parents, même s'il lui reste encore un long chemin à parcourir pour exercer par ses propres moyens.

À Flower Town, vit un jeune couple de fleuristes, Félicie et Léon. Ils ont transmis leur amour des fleurs à leur fille Susy, âgée d'une dizaine d'années. Susy rêve de devenir dessinatrice de bandes dessinées. Un jour, lors du carnaval des fleurs, Susy rencontre deux petites créatures venues du pays des fleurs. Ces dernières, Pollen et Pistil, décident de lui donner un pendentif et une baguette magique qui lui permettent de donner vie pour un moment aux objets qu'elle dessine. Commence alors pour la fillette une nouvelle vie emplie de magie et de fantaisie !

Après avoir passé toute son enfance en Afrique, la petite Vanessa (Pelsia Hayamizu) doit rejoindre ses parents au Japon. Pris dans une tempête en plein milieu du voyage, Vanessa se retrouve mystérieusement plongé dans un univers féerique où elle rencontre la reine des songes, la princesse Cristal, retenue prisonnière des glaces suite à la disparition des rêves humains. Cristal demande à la jeune fille de rechercher l'amour des rêves des humains et lui confie pour ce faire une baguette magique qui se dissimule sous la forme d'un serre-tête. Elle sera aidée dans cette mission par les 3 kappas, Ding, Dang et Dong. De retour au Japon, Vanessa s'occupe pour commencer de faire venir son lion d'Afrique et le transforme en un gros chat...

Yuu, Persia, Mai et Yumi se retrouvent plongées toutes les quatre dans une aventure mêlée de science-fiction. Le Japon est en danger ! Une créature tentaculaire, Alien X, venue des tréfonds de l'espace, est apparue sur Terre et sème la terreur dans les villes japonaises. Il semble se nourrir principalement de l'énergie des jeunes femmes qu'il draine jusqu'à les laisser dans un état de vieillissement avancé. Les armées ont combiné leurs forces de frappe, mais la puissance de l'Alien est sans pareil. C'est alors que le responsable des opérations militaires japonaises a une idée des plus brillantes : faire appel aux pouvoirs magiques combinés de Yuu, Persia, Mai et Yumi. Ces quatre magical girls de légende, pourront-elles venir à bout de cet étrange envahisseur ?