Naruto est de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...

L’intrépide Boruto Uzumaki a Naruto pour père. Sarada Uchiwa est dotée d’un potentiel extraordinaire : quoi de plus normal pour la fille de Sasuke et de Sakura ? Quant au flegmatique Mitsuki, qui a-t-il pour père ? Tout trois vont devoir affronter les premières épreuves de l’adolescence. En l’absence de son père, accaparé par son rôle de chef, Boruto saura-t-il suivre le bon chemin ? Quel nouveau danger plane sur Konoha et le monde ninja ?

Konoha est désormais florissant et à la pointe de la technologie. Il est dirigé par Naruto, le septième Hokage. Celui-ci n'a que bien peu de temps à consacrer à sa famille, ce qui est insupportable aux yeux de son fils Boruto. N'importe quel moyen est bon pour attirer l'attention de son père indigne, réussir l'examen Chûnin par exemple. Et lorsqu'il rencontre Sasuke, le jeune garçon n'a plus qu'une idée en tête : en devenir l'élève. Mais il a d'autres priorités : en effet, de mystérieux détenteurs du rinnegan semblent déterminés à finaliser l’œuvre de Kaguya.