Allen Walker est un jeune exorciste de 15 ans qui rejoint une organisation : la Congrégation de l'Ombre, suite à son entraînement avec le Maréchal Cross Marian, exorciste avec des capacités supérieures. D'abord considéré comme un ennemi en raison de la malédiction qu'il arbore sur son œil gauche, Allen sera vite accueilli par la communauté, notamment par Lenalee Lee, la sœur du Grand Intendant. Allen enchaînera alors différentes missions avec différents autres exorcistes à la recherche d'Innocences, des fragments de cristal divin disséminés à travers le monde. Chaque exorciste en possède une, ce qui lui permet de lutter efficacement contre leurs ennemis : les Akumas, des êtres humains ayant succombé au Comte Millénaire. Allen possède la sienne dans son bras gauche, mais les exorcistes comme lui, dit symbiotiques, bien que puissants, sont rares.

Allen Walker est un jeune garçon qui vient juste d'acquérir le titre d'exorciste au sein de la Congrégation de l'Ombre. Cette organisation a pour but d'éliminer les Akuma, des monstres qui se dissimulent parmi les humains, créés par le Comte Millénaire (aussi appelé Créateur) et dont les ingrédients de base sont "un mort + un proche de celui-ci dont le coeur fut rempli de haine et de ténèbres". Allen, ayant déjà eu affaire au Comte par le passé, fera tout pour mettre un terme aux agissements de ce dernier. En effet, le Créateur, accompagné par l'inquiétante famille Noah, projette de défier Dieu en anéantissant le Monde. Le combat pour la sauvegarde de l'humanité ne fait que commencer...