Le monde de Sylvarant est en phase de déclin : la technologie est rare, la plupart des grandes cités sont en ruines... . La seule solution pour le peuple de Sylvarant est de s'en remettre à l'Elue, qui grâce à ses prières et son périple, engagera la Régénération du monde.

L'Elue actuelle s'avère être Colette, une jeune fille blonde très douce mais maladivement maladroite. Elle vit à Isélia en attendant la venue de l'Oracle au temple de Martel.

Elle a une quinzaine d'année lorsqu'il apparaît et lui ordonne de commencer son périple. Colette sera accompagné par Raine Sage, son institutrice, qui est également guérisseuse, et Kratos, un mercenaire engagé par l'Eglise de Martel pour la protéger. Plus tard, ils seront rejoint pas Lloyd et Génis Sage, des amis d'enfance de Colette qui insisteront pour les accompagner.

Mais la Régénération du monde semble avoir une facette bi