Fraîchement arrivé à Hinamizawa, Keiichi découvre qu'une série de meurtres y a été commise par le passé, mais ses nouveaux amis refusent d'ouvrir la boîte de Pandore.

Après de nombreux différents arcs, nous apprenons ici enfin pourquoi l'histoire d'Higurashi est découpée de cette manière. Ce mystère tournait en fait autour de la jeune Rika Furude, qui devait subir, impuissante, la descente en Enfer de ses amis, ainsi que sa propre mort. Cherchant désespérément un moyen de sortir de ce labyrinthe du Destin aux côtés de Hanyû, la véritable nature de Oyashiro-sama, Rika trouve alors un monde qui semble convenir à une vie meilleure... Mais est-ce vraiment le cas ?

L'histoire se déroule en 2006, vingt ans après la catastrophe d'Hinamizawa. Le village est devenu une ville fantôme. Un jeune garçon, Akira Otobe, s'y rend, en compagnie de plusieurs amis. Mais bientôt il les perd et se retrouve face-à-face avec une femme du nom de Mion Sonozaki, qui le mène au Temple Furude...