Suite aux précédents évènements, la population sur Jerra, une des planètes colonisées par la Terre, est devenue presque quasiment inexistante. L'espèce humaine est proche de l'extinction à cause des vagues incessantes de robots déferlant sur tous les secteurs "habitables". Les robots débusquent les humains restants et les suppriment. De son côté, Geist, lui, traque ces robots et s'emploie méthodiquement à les détruire un par un. Survient alors Krauser, un être d'exception, qui concurrence Geist dans la destruction des robots. Krauser a la particularité, lui, de ramener les humains rescapés vers un abri que les robots sont censés ne pas pouvoir atteindre. Mais Krauser s'avère être lui aussi un M.D.S. (Most Dangerous Soldier), le premier du genre. Toutefois, ses actions font de lui quelqu'un de très apprécié par la population. Krauser est assisté d'une unité de soldats appelée E.S.I (Existence Signal Illusion) et du Dr Brenston, le créateur initial du programme MDS. Ce dernier aimerait pourtant récupérer Geist et profiter de sa soif insatiable pour la guerre pour endiguer les assauts des robots. Il crée alors un cyborg, Eagle, et le charge de ramener Geist.