2017, l'empire de Britannia a conquit le Japon grâce à une nouvelle technologie, des robots de combats appelés "Knightmare". Le Japon perd son indépendance, le pays se fait désormais appeler : Area 11 et ses habitants : Elevens. Lors d'une altercation entre les rebelles et l'armée de l'empire, Lelouch, un jeune étudiant Britannien, fait la découverte d'une arme secrète qui n'est autre qu'une mystérieuse fille. Il obtient d'elle un étrange pouvoir qui lui permet d'imposer sa volonté à toute personne qui croise son regard. Avec ce pouvoir il tentera de se venger de l'empire de Britannia, responsable selon lui de la mort de sa mère et du handicap de sœur. Il formera avec les rebelles japonais l'Ordre des chevaliers noirs qu'il commandera sous le nom de Zero.

Episodes spéciaux inclus avec les DVD de la série. Comment Lelouch et Suzaku se sont rencontrés pour la première fois ? Pourquoi est ce que les filles à Ashford prennent toutes leur bain ensemble ?