Les neuf cyborgs qui composaient autrefois l'équipe du Dr. Gilmore ont été séparés et suivent désormais des voies différentes. En particulier, le Cyborg 009 (Joe) a vu sa mémoire effacée et tente de vivre une vie normale à Tokyo. Mais une vague d'attentats terroristes visant la planète entière force la réunion des cyborgs pour contrer cette nouvelle menace. Joe et les autres devront reprendre leurs tenues de justiciers pour révéler une conspiration aux enjeux ésotériques...