Et si Assassination Classroom se déroulait dans un monde de jeu vidéo RPG ? C'est avec ce pitch de départ qu'a été créé ce spin-off. Ainsi, M. Koro est-il devenu le roi démon, possédant une vitesse surnaturelle à la suite d'un bug du système. M. Karasuma est ici le Lord Commandant des Chevaliers de la Cour et Mme Pouffe une « sorcière de la tentation »... Les élèves de la classe E appartiennent à une école de magie à qui l'on confie la mission d'assassiner Koro, car ils maîtrisent des magies ressemblant à des bugs. Comme dans le manga original, au lieu de menacer la vie de ses étudiants, M. Koro s'efforce de tirer le meilleur de ses élèves, il leur apprend à coopérer, à s'améliorer, à avoir une vision positive d'eux-mêmes afin qu'ils réussissent à s'accepter tels qu'ils sont. À travers des confrontations contre des monstres-parodies des jeux RPG, les élèves apprennent petit à petit

A l'école magique de Kunugigaoka, tous les élèves apprennent les bases pour devenir des héros. Cependant, la classe 3-E, la plus mauvaise de l'école et réputée pour être incapable de tuer un simple slime, cache un terrible secret : leur professeur est le roi des démons !! Les élèves sont chargés par la garde royale de le tuer, en apprenant à contrôler leurs "bugs" !

L'histoire se déroule au lycée Kunugigaoka. Koro-sensei est un alien responsable de la destruction d'une partie de la Lune. Il annonce alors au gouvernement de la Terre qu'il désire être le professeur de la classe 3-E, et rajoute que si aucun de ses élèves n'a réussi à le tuer à la fin de l'année, il détruirait la Terre. Les élèves de cette classe auront donc pour objectif d'assassiner leur professeur afin de sauver la Terre et d’empocher une récompense de 10 milliards de yens.

Compilation de la série sortant simultanément avec Koro-sensei Q. Ce film inclut une histoire inédite se déroulant peu avant les retrouvailles des élèves de la classe, sept ans après qu'ils aient obtenu leurs diplômes. Cette partie se focalise sur Karma et Nagisa.