Il existe une légende urbaine selon laquelle il y aurait un shinigami qui peut libérer les gens de la souffrance qu'ils peuvent ressentir. Cet "Ange de la Mort" a un nom : Boogiepop. Et les légendes sont vraies. Boogiepop est réel. Quand une vague de disparitions impliquant des étudiantes éclate à l'académie de Shinyo, la police et l'établissement supposent qu'il s'agit juste d'une série de fugue. Mais Nagi Kirima, un étudiant de l'académie, le sait. Quelque chose de mystérieux et de mauvais est en train de se produire. Est-ce Boogiepop, ou quelque chose de plus sinistre ...?

Une nuit, une colonne de lumière s'élève vers le ciel, et le monde commence à changer. Des lycéens disparaissent, d'autres se découvrent des pouvoirs paranormaux effrayants. Des êtres de nature surnaturelle se multiplient dans les rues de la ville, la nuit, tout comme les phénomènes inexpliqués… Les rumeurs parlent d'un être en particulier nommé Boogiepop. On dit que c'est le dieu de la mort et qu'il entraîne ceux qu'il croise dans les ténèbres…

Il existe une légende urbaine, que les enfants se racontent entre eux, selon laquelle un certain Shinigami peut libérer les gens de la douleur qu'ils subissent. Cet "Ange de la Mort" se nommerait Boogiepop. Et les légendes sont vraies. Boogiepop est réel. Une personne poursuit un clone qui s'est échappé d'elle et se cache désormais à l'académie Shinyo. Mais voilà que des élèves disparaissent continuellement et, au fur et à mesure, les gens commencent à se demander s'ils n'auraient pas été emportés par le légendaire Boogiepop.

Au Japon, une légende urbaine circule, celle d’un mystérieux “Ange de la mort” qui hanterait les lycées. Cet ange a un nom : Boogiepop. Et la légende n’en est pas une… Alors qu’actes de violences inexpliqués et tentatives de suicide se succèdent, Boogiepop refait surface dans le corps d’un étudiant ordinaire, Takaya Akizuki, pour enquêter sur l’origine de ces pulsations destructrices… Mais le mal qu’ils affrontent ensemble a déjà tué : n’importe quel élève pris de folie peut se retourner contre eux…