L'histoire se déroule après que 90 pour cent de l'humanité anéanti à cause d'une invasion. Les survivants vivent dans un abri où leur vie est surveillée et les souvenirs de l'invasion sont effacés. Trois adolescents du refuge sont choisis pour piloter trois machines qui se combinent pour former le robot Musashi, fait d'un matériau appelé alliage Megatronium.