Ratman raconte l'histoire de Katsuragi Shuto, 15 ans, qui rêve de devenir un super-héros. Un jour, il est capturé par l'organisation Jackal, drogué puis forcé à la rejoindre. Il sera contraint de commettre des méfaits dans la peau d'un "super-héros" nommé Ratman ! Cependant, il profitera de ce titre pour aider la population, au lieu de la détruire. Mais le costume terrifiant de Ratman ne l'aidera pas, et il sera vite connu sous le nom de super-vilain plutôt que celui de super-héros !