Shinichi Kudo est un lycéen japonais qui se décrit lui-même comme un "Sherlock Holmes des temps modernes. Fils d'un célèbre écrivain de romans policier, il pousse sa passion des polars au niveau supérieur en participant lui-même à de vraies enquêtes. Son esprit de déduction aiguisé lui permet de collaborer avec la police de Tokyo pour résoudre toutes sortes d'énigmes et arrêter les criminels les plus retors.
Mais un jour qu'il se trouve au parc d'attraction avec sa petite amie Ran, le jeune détective tombe sur plus fort que lui. Il est agressé par de mystérieux hommes en noir qui lui font avaler un poison censé le tuer sans laisser de traces. Shinichi pense voir sa dernière heure arriver, mais finit par se réveiller avec une surprise ; son corps a rajeuni de dix ans...