Année 2065, une météorite s'est écrasée sur la Terre qui est depuis infestée de spectres extraterrestres qui menacent l'humanité : les esprits.
Aki Ross est une jeune scientifique à la recherche des huit esprits capables de réveiller Gaia, l'esprit de la terre. Aidée par son mentor le docteur Cid, par l'escadron d'élite "Deep Eyes" et par ses rêves étranges qui se font de plus en plus oppressants, Aki va tenter de sauver la paix, se révoltant contre la haine pour sauver l'humanité...