Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans…

Yaiba est un jeune garçon vivant dans la jungle que son père prépare à devenir samouraï. Un jour, après avoir provoqué la colère d’une horde de gorilles géants, Yaiba se retrouve malencontreusement en partance pour Tokyo, accompagné de son père et de leur nouvel ami, un tigre peu banal. Commence alors des aventures fantastiques…