En l'an 3005, après sept siècles d'interruption, une mission de recherche est envoyée sur Mars. Arrivés sur les ruines d'une ancienne colonie laissée à l'abandon, les membres d'équipage y rencontrent une femme.

Mais, alors qu'ils reviennent sur Terre, leur appareil s'abîme en mer et le corps de l'un d'eux est retrouvé flottant dans l'espace et atteint d'un étrange virus (le N5S), dont il répand des spores à la surface de la planète.

Six mois plus tard, sur Terre, l'agent Zoichi Kanoe est envoyé par la Toa Industries sur l'île artificielle de 9J0. Il y découvre une population ravagée par le virus. Ce dernier aura d'ailleurs infecté toute la planète d'ici une quinzaine d'heures.