Le Chant d'Apollon raconte l'histoire d'un jeune homme, Shôgo Chikaishi, qui est amené devant un psychiatre pour avoir commis des actes cruels envers les animaux. Le médecin lui inflige un traitement de choc pour essayer de « redresser son caractère ».
On découvre alors que le garçon porte une haine intense, non envers les animaux, mais envers l’Amour. Sous l’effet du traitement, Shôgo se retrouve devant la déesse de l’amour, qui lui impose un destin tragique : de vie en vie, Shôgo tombera à chaque fois amoureux d’une même femme, mais avant que leur amour ne soit exhaussé, l’un ou l’autre devra mourir. Shôgo ne pourra jamais connaître le bonheur de vivre avec celle qu’il aime...