L’histoire débute lorsque l’arrêt des serveurs du célèbre MMORPG Yggdrasil est annoncé. Cependant, Momonga, le plus puissant des sorciers du jeu décide de ne pas se déconnecter à l’arrêt des serveurs. Plusieurs événements inattendus se produisent alors, à commencer par la transformation en squelette de l’avatar de notre héros.
Il découvre alors que l’univers du jeu ne disparaît pas, au contraire, il subit certaines modifications. Tous les personnages non jouables du jeu se mettent mystérieusement à développer une conscience qui leur est propre. N’ayant pas de parents, pas d’amis et pas de travail, Momonga va alors s’efforcer de prendre en charge ce nouvel univers qui s’ouvre à lui…