Ce volume est la suite directe d'Oracle of Seasons. Après avoir libéré Din, l'Oracles des Saisons, de l'emprise d'Onox, Link est devenu chevalier d'Hyrule. Après un concours remporté haut la main, Link se voit envoyé avec Impa, la nourrice de la Princesse Zelda, à la recherche de Nayru, l'Oracle des Âges. Lorsqu'enfin ils la retrouvent, au beau milieu d'une clairière, jouant de la harpe pour les animaux, Impa révèle alors sa vraie nature : une sorcière maléfique, Veran, l'avait habitée le temps de trouver l'endroit où se trouvait l'Oracle ! La sorcière prend alors possession du corps de Nayru, et disparaît, ne laissant derrière elle que la harpe de la jeune fille et Impa inconsciente. Link part alors à la recherche de Nayru, accompagné de Ralph, l'ami d'enfance de l'Oracle.

Le jeune Link vit paisiblement avec son grand-père dans un village près du château d’Hyrule. Malgré sa réticence à devenir chevalier, il se laisse convaincre par son aïeul de passer un test. Dans les couloirs du château, il découvre la triforce et en la touchant, il se retrouve projeté soudainement dans le monde d’Holodrum. C’est dans ce monde inconnu qu’il va devoir accepter son destin de chevalier de la légende du temps pour protéger l’oracle des saisons, Din. Le destin de ce monde et de celui d’Hyrule en dépend !