Toujours à la course au trésor, Lupin et ses amis font route vers "Drifting Island" mais sur cette île renforcé il vont déclencher "Nanomachine", le système de sécurité.

La clé pour résoudre le mystère de l'île se trouve dans la petite nation de Zufu. Cette nation autrefois prospère est maintenant dirigé par l'impitoyable, collectionneur de couteau, le général Headhunter qui rejoindra la troupe. Fujiko toujours à son habitude utilisera de sa malice afin d'obtenir une maximum de renseignement.

De son côté Lupin lui a envoyé à son cher ennemi Zenigata une vidéo montrant son désir d'obtenir le trésor mais aussi de le ridiculisé une fois de plus par son échappé. Oleander, un agent de feu blonde portant de lourd secret viendra en aide à l'inspecteur.

Les deux équipe au complet, Lupin, ses amis et ses rivaux retournent à l'île afin que tous tentent de finir ce qu'ils avaient entamé.

La capture d'un trésor ou d'une personne pour d'autres.