Emiya Shirô a tout perdu lors d'un immense incendie : sa famille, sa maison, ses repères. Il est alors adopté par Emiya Kiritsugu. Quelques années plus tard, alors que son père est décédé, Shirô participe à un important tournoi, réunissant 7 magiciens, dont l'enjeu est le Saint Graal. Chaque mage invoque pour le tournoi un "Servant", un héros ancien qui lui prête sa force durant le tournoi. Shirô invoque une guerrière de la classe la plus puissante : Saber.

Manga revenant sur certains faits arrivés entre la première saison de Nanoha et A's puis développant l'après A's.