Une escouade de Troopers est amenée à poursuivre une expédition au Fort Casey, assiégé par des insectes. Cette mission de sauvetage est à peine achevée que le Général Johnny Rico est contraint de leur en assigner une nouvelle dans la foulée. Ils doivent sans plus attendre retrouver le vaisseau du commandant Carmen Ibanez, le John A. Warden. Ce vaisseau, réquisitionné par le Dr Carl Jenkins et parti pour une destination inconnue, ne répond mystérieusement plus aux appels que lui envoie la Fédération. Les Troopers obtiennent la libération provisoire du Major Henry Varro, relevé de ses fonctions pour "insubordination", afin qu'il les conduise efficacement dans cette nouvelle tâche. Mais l'expérience de ce dernier sera-t-elle suffisante pour cette mission dont ils ignorent tout ?