Treize mois après les événements de la série TV, Emi Kaidô se sert du Case pour sauver ses doubles des autres univers lorsque Casshern, Takeshi, Jôji et Ken lui demandent de les aider à dissiper une irrégularité produite par le Case dans un monde parallèle.

Ils se retrouvent sur une Terre où les Galactors ont été détruits par le docteur Nambu. Celui-ci a utilisé cette irrégularité située à Shinjuku qu'il nomme Nexus et a tué le Ken de cette dimension. Ce dernier ne voulant pas qu'il emploi cette puissance dévastatrice.

L'équipe y retrouve Joe, le dernier des Gatchaman en ce monde...