Ryô Takatsuki est un lycéen japonais qui mène une vie ordinaire. Mais son univers quotidien va pourtant être ébranlé. Tout commence avec l’arrivée, dans son école, de Hayato Shingû, un nouvel élève. Sans que Ryô comprenne pourquoi, Hayato s’en prend à lui et tente même de le tuer. Il découvre alors que Hayato n’est pas un garçon comme les autres: ses membres ont la capacité de se transformer en armes télescopiques meurtrières…

Ryo Takatsuki, Hayato Shinguu et Takeshi Tomoe sont trois adolescents pourvus d'une faculté hors du commun appelée "Arms". Ils peuvent ainsi transformer une partie de leur corps en n'importe quoi susceptible de servir d'armes de destruction ou de défense. Toutefois, ces jeunes garçons apprennent qu'ils ne sont pas trois mais quatre à avoir ce pouvoir... Ils doivent retrouver ce quatrième personnage avant leur mystérieux ennemi.