Dans un futur apocalyptique (encore un !), L'empire du Mal, constitué de plusieurs clans surpuissants, fait régner la terreur sur cette Terre dévastée. Les guerriers de ces clans malintentionnés persécutent les faibles, mais heureusement se dresse sur leur route un héros... Improbable, blond avec une coupe afro (qui cache un couple d'écureuils et certainement beaucoup d'autres choses): Boboboubo Boubobo ! Notre héros sauve in extremis Beauty alors qu'elle est la proie d'un clan de crânes d'œufs désireux de vivre dans un monde de chauve ! Boboboubo Boubobo s'interpose et vainc ses adversaires en maniant avec dextérité ses... Poils de nez. En effet Boboboubo Boubobo possède une technique de combat imparable utilisant ses poils de nez d'une longueur incroyable qu'il range dans ses narines où résident plein de petits personnages dont une femme au foyer, un gérant de magasin et bien sûr un bataillon de "crottes de nez" des forces spéciales.

Suite du manga Bobobo-bo Bo-bobo se déroulant environ un an après la fin de ce dernier. L'empire Maruhage renaît de ses cendres dans le but de répandre à nouveau le mal et la calvitie, et une nouvelle armée de Chasseurs de Cheveux (ou Tondeurs Flingueurs) est montée. Bobobo ne sera évidemment pas indifférent aux événements récents et fera en sorte que les choses changent à l'aide de ses anciens et nouveaux équipiers...