L’histoire nous fait suivre les générations de la famille Joestar, dont chaque arc (partie) se concentre sur l’un des descendants qui possède des pouvoirs et livrant bataille contre ceux qui veulent dominer le monde.

JoJo's Bizarre Adventure : Phantom Blood adapte la saison 1 du manga : Phantom Blood. Nous voici à la fin du xixe siècle en pleine Angleterre Victorienne. Lord Joestar voit arriver dans sa maison le jeune Dio Brando, le fils de l'homme qu'il croit lui avoir sauvé la vie. Reconnaissant, il décide de l'adopter après la mort de son père, mais le jeune homme s'avère bien ambitieux et n'a pour seul but que de s'emparer de la fortune des Joestar. Très vite en rivalité avec le fils du Lord, Jonathan, lui aussi âgé d'une douzaine d'années. Noble et naturellement bon, il l'accueille avec gentillesse. Mais Dio fera tout pour lui nuire et l'humilier afin de le détruire psychologiquement et arriver à accomplir son but. Voyant que cela s'avère vain et vaincu par sa force de caractère, il lui laisse un répit de plusieurs années. Tous deux désormais à l'université, il semblerait presque être des frères tout à fait uni. Mais malgré les nouvelles bonnes intentions de Dio, le doute persiste. Jusqu'à ce que Jonathan découvre que Dio a commis un parricide et tente désormais d'empoisonner aussi son propre père ! Et quand un mystérieux ancien masque de pierre aztèque renfermant d'étranges pouvoirs apparaît, leur rivalité latente prend des proportions dramatiques et surnaturelles. Jonathan révèle au grand jour les plans machiavéliques de son frère adoptif. Acculé et sur le point de se retrouver livré à la police, Dio se retrouve obligé d'utiliser cet étrange artéfact. Utilisant le sang de Lord Joestar, il abandonne son humanité et devient un monstre au pouvoir surhumain, craignant la lumière du jour et s'abreuvant de sang humain : un vampire ! Pris d'une frénésie meurtrière, il extermine les malheureux policiers présent avant de s'attaquer à notre héros encore sous le choc de la mort de son père. Il devra révéler des ressources insoupçonnées afin de défaire le démon qui périra dans l'incendie du manoir. Du moins le croit-il... Car Dio est bien plus coriace qu'il ne s'y attendait et seul l'apprentissage d'une ancienne technique martiale tibétaine, l'Onde, lui permettra de venir à bout de celui qui changea irrémédiablement sa destinée. Aidé de son nouveau compagnon Speedwagon et de son maître Zeppeli, il se prépare enfin à défaire les légions de zombies envoyés par son ancien frère adoptif pour l'exterminer. Le combat qui les oppose atteindra son paroxysme opposant le côté le plus noble de l'humain à son aspect le plus abject. Qui de la lignée des Joestar ou des Brando l'emportera finalement ?

Cette saison comprend les volumes 6 à 12 de l'édition originale. New York, 1938. Près d'un demi-siècle après la défaite de Dio, Joseph Joestar, le petit fils de Jonhatan, s'installe à Big Apple avec Erina, sa grand-mère. Depuis son plus jeune âge, Joseph est un enfant intrépide et casse-cou mais il a surtout des prédispositions pour contrôler « l'onde ». Pendant ce temps, Speedwagon, avec l'aide de sa fondation, découvre dans des vestiges mexicains une grotte étrange et un pilier dans lequel est encastré la silhouette d'un homme, qui ne serait autre que le créateur du terrible masque de pierre...