Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans…

Conan et sa troupe sont invités à une croisière sur un luxueux paquebot, le Saint Aphrodite. Alors que tout semble se passer pour le mieux, un passager est assassiné. C’est le début d'une série de drames qui amènera jusqu'à mettre en jeu la vie de l'ensemble des passagers. Conan et Kogoro seront en première ligne pour rechercher la vérité et empêcher que l’océan ne se couvre de sang...