An 2000. Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées “Anges” apparurent, semant la terreur et la destruction. Qui sont les Anges ? D'où viennent-ils ? Ont-ils un lien avec l'astéroïde ? Mystère ! Sauf pour le commandant de l'organisation N.E.R.V. qui possède la seule arme capable de les repousser : les Evangelions, gigantesques machines de guerre humanoïdes. Mais lorsqu'un nouvel Ange surgit, il manque encore l'essentiel : un pilote…