Durant l'été de l'année 2011 du calendrier impérial, le Saint Empire de Britannia déclare la guerre au Japon. Après un mois d'affrontement, le Japon est vaincu et l'Empire retire aux Japonais leur liberté, leurs droits et leur nom. Le Japon est rebaptisé "Area 11" et les Japonais, des Elevens. Durant cette guerre, deux enfants assistent au massacre, et l'un d'eux jure de détruire Britannia. Sept ans plus tard, Lelouch, un jeune étudiant Britannien, s'ennuie à mourir dans la petite colonie et passe son temps libre à jouer aux échecs contres des nobles ou à s'occuper de sa petite soeur aveugle et paraplégique : Nanally. Mais Lelouch n'est pas un étudiant comme les autres. Son meilleur ami, Suzaku, est l'un des Eleven admit à l'Académie, chose que les autres élèves Britannien ont du mal à concevoir, c'est pourquoi Suzaku l'évite. Un jour, Lelouch aperçoit un avion militaire ay

Durant la guerre entre le Japon et Britannia, Lelouch a déclaré vouloir détruire l'Empire de Britannia. Ce jour-là, Suzaku, son meilleur ami, ne lui a pas répondu, gardant son souhait enfoui au fond de lui. Ce qu'il voulait, c'était "changer le monde". C'est ce qui l'a poussé, sept ans plus tard, à intégrer l'armée Britanienne, malgré le fait qu'il soit Japonais. Alors qu'il recherche une capsule de gaz volée par des terroristes, Suzaku retrouve Lelouch, qu'il n'avait plus revut depuis la fin de la guerre. Code Geass vu au travers des yeux de Suzaku.