L'histoire se déroule dans un monde où les enfants naissent désormais en possédant "l'Iris", un pouvoir qui leur permet de "voir" le monde autrement et qui varie selon les personnes ; il peut ainsi être possible de différencier ceux qui mentent de ceux qui disent la vérité ou encore de voir un futur proche.Toru Mizushima est un être à part dans ce monde : il est un "Iris Zero". En clair, il fait parti de la minorité qui ne possède pas le pouvoir de "voir", ce qui fait de lui un souffre-douleur pour les autres enfants.

Devenu adolescent, il s'est replié sur lui-même et fait de son mieux pour être ignoré de tous, suivant un plan "d'exposition minimale".

Ce plan commence toutefois à battre de l'aile lorsque la populaire Koyuki Sasamori vient lui demander son aide. D'abord réticent, Toru apprend à accepter l'amitié de cette jeune fille joyeuse et sympathique. D'autant qu'elle e