Eiji Tomatsu est un élève en cinquième année qui, un jour, accompagné de son chien Pochirou, fait la découverte d'un livre mystérieux. Celui-ci contient un drôle de bouton et lorsqu'Eiji appuie dessus, il se fait instantanément livrer un colis comprenant le "Pikachin-Kit". Cependant, le colis ne comprend qu'1% du kit total… Eiji Tomatsu va donc devoir trouver les pièces manquantes !