Honey Kisaragi est une jeune étudiante tout ce qu’il y a de plus normale. Quand son père est menacé par Panther Claw, une organisation criminelle, elle vole à son secours et découvre alors qu’elle est une super androïde doté d’un pouvoir de métamorphose et d’une force incroyable. Honey devra faire face à Panther Claw, et déjouer leurs plans diaboliques...

L'action se déroule au Japon, où une mystérieuse bande de malfrats sévit: on l'appelle le gang des "Panther Claw". L'inspecteur Aki Natsuko est en charge de l'affaire. Malheureusement, elle se fait systématiquement dépasser par une mystérieuse héroïne sur le lieu des crimes, ce qui a tendance à passablement l'énerver. En fait, derrière tous ces personnages qui interviennent pour capturer les monstres à la place de Natsuko se cache une seule et même personne: Kisaragi Honey alias Cutie Honey. Cette jeune femme a une particularité: lorsqu'elle crie "Flash Honey" et qu'elle appuie sur le bouton en forme de coeur situé au cou, elle se transforme en Cutie Honey, c'est-à-dire une redoutable guerrière aux pouvoirs extraordinaires. Cette dernière se bat contre les Panther Claw pour venger la mort de son père, un grand scientifique spécialiste en nano-machines. Celui-ci a utilisé sur sa fille cette même technologie pour créer Cutie Honey. Ce secret est toutefois connu par un journaliste, qui surveille de près Kisaragi Honey. En effet, il semblerait qu'il existe un lien particulier entre elle et Sister Jill, la leader maléfique des Panther Claw...

Cherry Miel, une adolescente qui découvre à la mort de son père qu'elle est en réalité une femme-androïde et qui possède le pouvoir de se matérialiser en n'importe quel individu (pilote de course, mannequin, hôtesse de l'air, reporter…). Dès lors, elle n'aura de cesse de poursuivre et de combattre l'organisation « Panthera », responsable de la mort de son père, organisation menée par la terrible Panthère Zora...

Honey Kisaragi est une lycéenne de l'école de jeunes filles Sainte Chapelle. Le jour de son 16e anniversaire, alors qu'elle rentre chez elle, elle découvre que son père Takeshi Kisaragi a été enlevé par le gang Panther Claw car celui-ci avait découvert un dispositif pouvant permettre la transformation du corps humain. Le soir même, Honey Kisaragi rencontre un homme aux longs cheveux blancs qui lui donne le dit dispositif. Elle devient ainsi Cutie Honey et combat Panther Claw pour sauver son père. Mais une nouvelle étudiante transférée, Seira Hazuki, ne lui facilitera pas la tâche...

Cutey Honey est une androïde crée dans le but de protéger l'espèce humaine du mal. De nouveau confronté à l'émergence de "monstres", elle combat Dolmek avec l'aide de la famille Hayami afin de protéger la ville. Peu à peu, elle se fera de nouveaux amis qui l'aideront dans sa lutte.

Un soir, un individu muni d'une mallette se fait attaquer par des hommes masqués et est sauvé de justesse par Cutey Honey. La mallette de l'homme, archéologue, contient une étrange chrysalide qu'il a volé à l'organisation Panther Clow. Ce papillon, originaire du Mexique et disparu depuis 6 000 ans, serait d'après une légende un ange gardien aidant les hommes à rejoindre le paradis. Les Panther Clow réitèrent une tentative pour récupérer le cocon mais échouent de nouveau... Ils réussissent cependant à kidnapper la meilleure amie de Cutey Honey. Pour la sauver, notre héroïne accompagnera l'archéologue en Amérique centrale sur les traces d'une l'ancienne civilisation...