Sekai Kamiki, Yûma Kôsaka et Fumina Hoshino sont tout trois conviés sur une île du sud, dans les laboratoires Nielsen. Là, ils vont participer à un gigantesque tournoi.

Gunpla Battle Nexus Online est un nouveau jeu en réseau qui permet aux participants de jouer à plusieurs missions en utilisant des Gunpla dans un cyberespace virtuel. Riku Mikami et Yukio Hidaka sont des collégiens qui vont recruter leur camarade de classe Momoka Yashiro et plonger ensemble dans ce vaste univers. Devenant des "Divers", le nom donné aux habitants de GBN, ils rencontrent une mystérieuse jeune fille nommée Sarah qui a une affinité particulière avec les Gunpla. Ils commencent alors à jouer à ses côtés mais... Il y a beaucoup de Divers célèbres tels que Kyoya Kujo, le champion que Riku admire. Plusieurs Divers peuvent former une équipe nommée "force". Cependant, le jeu est parasité par des Mass-Divers qui utilisent des outils non-officiels appelés break decals. Au travers de multiples rencontres et expériences, Riku et ses amis devront non seulement construire leur Gunpla mais aussi leur propre aventure. (Synopsis issu et traduit du site gundam.info)