L'histoire se déroule en l'an 2105 A.D., au Japon. Les humains vivent désormais quotidiennement au côté d'androïdes humanoïdes extrêmement développés, les hiE. Ces derniers, malgré leur intelligence, ne sont toutefois considérés que comme des objets par une majorité de la population. Mais un jour, d'étranges fleurs de cerisier déclenchent une "maladie" qui rend les hiE incontrôlables. Arato Endô, 17 ans, parviendra-t-il à comprendre et endiguer ce phénomène à l'aide de Lacia, une hiE ?