L'histoire prend place au cours de la 11ème année de l'ère Meiji. Le nombre de personnes insatisfaites du gouvernement au pouvoir est en constante augmentation. Les raisons ? Les samuraïs ne sont désormais plus tolérés et le Japon s'ouvre de plus en plus à l'occident. Le gouvernement décide un jour d'ouvrir une nouvelle prison afin de stopper l'augmentation du taux de criminalité. Nous suivons le parcours des trois frères Kumo qui sont chargés de transporter les criminels dans cette nouvelle prison.

Le Joker s'est envolé pour le Japon. Son plan : voler les armes secrètes de la Eagle Talon Society. Néanmoins, la Justice League est sur le coup et les deux sociétés vont devoir travailler main dans la main pour déjouer les projets malfaisants du Joker.