Nagisa Misumi et Honoka Yukishiro sont deux collégiennes. Si Nagisa est plutôt sportive, Honoka est, quant à elle, plutôt studieuse. Un soir, Nagisa voit par la fenètre des centaines d'étoiles filantes dans le ciel. Elle fait un vœu et se retrouve en possession d'un petit appareil appelé "Compact" dans lequel se trouve une petite créature, Mepple. Mepple incite Nagisa à partir à la recherche de la princesse Mipple, Nagisa se retrouve alors face à Pisard, qui semble en vouloir à Mepple. Honoka est également présente. Les jeunes filles sont acculées et n'ont pas le choix, elles doivent devenir des Pretty Cure pour pouvoir affronter Pisard. Nagisa devient Black Cure, et Honoka, White Cure. Leurs combats ne font que commencer...

Hana Nono, adolescente de 13 ans, vient tout juste de déménager à cause du nouveau travail de sa mère et intègre une toute nouvelle école. Loin d'être attristée, elle voit cela comme une opportunité et tente de soigner son apparence et sa présentation afin d'avoir l'air plus adulte. Malheureusement, elle arrive en retard dès le premier jour et se fait surtout remarquer par sa maladresse et son énergie débordante. Plus tard, alors que la plupart des élèves de l'établissement s'écroulent, apathique, et qu'une étrange créature attaque le collège, Hana ne perd rien de son énergie. Reconnaissant Hugtan et son gardien, qu'elle avait rencontré peu avant, à proximité de la créature, elle s'interpose pour les protéger et est ainsi choisie par un "Crystal du Futur" pour devenir "Cure Yell".