Inazuma Eleven: Ares no Tenbin prend place après les événements du premier jeu et se centre sur les trois protagonistes : Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori et Yuuma Nosaka. L'histoire démarre sur une île où un groupe de garçons passent leurs journées à jouer au football. Un jour, leur club est soudainement fermé et la seul façon de pouvoir le récupérer est de gagner le fameux tournoi du "Football Frontier". Asuto Inamori décide ainsi de quitter son île pour pouvoir rentrer dans le Collège Raimon à Tokyo. Cependant, l’adversaire de leur premier match est le numéro 1 : Seishou Gakuen.

Dans cet animé, nous suivrons les péripéties de l’équipe de foot du collège Raimon, considérée comme une faible équipe ne disposant même pas de onze joueurs pour pouvoir jouer des matchs. Emmenés par leur capitaine Endô, le gardien de but, ils se voient offrir l’opportunité d’affronter l’école de Teikoku, la meilleure équipe du pays, vainqueur du renommé tournoi Football Frontier quarante années de suite. Comment s’en sortiront nos héros face à cette puissante équipe ? Et qui est ce mystérieux Gôenji à la frappe surpuissante nouvellement arrivé au collège Raimon… La suite des aventures de nos héros nous en apprendra davantage.