Opus raconte l’histoire d’un mangaka, Chikara Nagai, qui se retrouve littéralement aspiré dans l’histoire qu’il a créé. À la veille de la remise de ses planches à son éditeur, Chikara est plongé dans son manga, Resonance, et forcé de se battre aux côtés de ses propres personnages : Satoko, policière dotée de pouvoirs psychiques et Rin, compagnon de cette dernière pour déjouer la menace d'un individu nommé Le Masque, gourou d’une secte.