Ville de Yomiyama, Japon - 1998.Kôichi Sakakibara, élève transféré depuis Tokyo, loge chez sa grand-mère le temps de sa dernière année de lycée. Malheureusement pour lui, suite à un problème pulmonaire, il ne peut pas faire sa rentrée avec les autres élèves de sa classe : la 3 - 3. Ce n'est que début Mai, après la fin de la Golden Week, qu'il est suffisamment rétabli pour reprendre les cours, mais rapidement, quelque chose le choque dans cette classe : une jeune fille, du nom de Mei Misaki, est ignorée par le reste de ses camarades. C'est comme si elle n'existait pas ! Même les professeurs semblent faire abstraction de sa présence.

Tout ceci intrigue fortement Kôichi qui, à la suite de quelques recherches malgré ses camarades essayant de le mettre en garde, finit par découvrir que 26 ans auparavant, dans la même classe avant le début de l'année, un élève très populaire du nom de Mi